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　　本发明涉及海子水牛遗传育种，尤其涉及一种海子水牛全基因组snp分子标记组合及应用。

　　1、海子水牛是我国特有的沼泽型水牛品种，具有适应性强、耐粗饲、抗逆性强等优良特性，是重要的地方畜禽资源和文化遗产。然而，受现代农业加速发展和农业结构调整影响，其种群数量锐减，遗传资源濒临流失危机。1990年江苏省存栏量达4.25万头，而2022年全国第三次普查数据显示仅剩4051头，基本已从役用转为肉用。种群的极度萎缩严重削弱了其遗传多样性，增加了灭绝风险。鉴于其在农业生态系统中的独特价值，开展遗传资源多样性保护和品种改良迫在眉睫，以避免其消亡带来的生态和文化损失。

　　2、传统育种方式通过外貌鉴定或表型测定评估牛的种用价值，但存在较大局限性、准确度低，并且牛的世代间隔长，进一步导致遗传进展缓慢。分子育种是利用基因组学、分子标记技术等，在分子水平上选择和改良生物遗传性状的方法。相较于传统育种方式，具有高效、准确、目标性强等多方面优势。作为分子育种的常用技术之一，基因芯片是畜禽基因组选择育种中的主要工具。然而目前市面上采用的芯片，如illumina bovine snp50、illumina bovine hd、illumina multi-species genotyping bead chips等芯片，通常选择在多个品种间广泛分布的单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms，snps)作为其设计位点，缺乏海子水牛种群的针对性。

　　3、所以为了保护和改良海子水牛遗传资源，加速分子育种进程，提升遗传多样性保护与精准育种效率，助力种群的可持续发展，设计一种可用于遗传资源保护和选育的海子水牛全基因组snp分子标记组合至关重要。

　　1、发明目的：本发明的目的是提供一种可用于遗传资源保护和选育的海子水牛全基因组snp分子标记组合；第二目的是提供该snp位点组合在海子水牛全基因组芯片及分子选育中的应用。

　　2、技术方案：本发明所述的海子水牛全基因组snp分子标记组合，如表1所示，由48887个snp位点组成，包括47943个测序来源高遗传信息量snp位点、868个性状相关位点及76个缺陷相关位点。

　　63、优选的，本发明所述海子水牛全基因组snp分子标记组合中，测序来源高遗传信息量snp位点的建立方法包括：

　　68、优选的，本发明所述海子水牛全基因组snp分子标记组合中，上述建立方法中步骤(4)所述软件为一种可用于畜禽基因组芯片设计过程中高遗传信息位点选择的软件snpselection(v1.0)，软著登记号为2024sr1581643。

　　69、本发明所述海子水牛全基因组snp分子标记组合可用于海子水牛snp芯片设计，该芯片可检测前述海子水牛全基因组snp分子标记组合中的一个或多个位点。

　　70、本发明所述海子水牛全基因组snp分子标记组合可用于海子水牛遗传资源保护与选育。

　　74、有益效果：与现有技术相比，本发明具有如下显著优点：1、所述海子水牛全基因组snp分子标记组合基于参考基因组，并结合海子水牛全基因组测序信息，尤其适于海子水牛种群的遗传资源保护与选育；2、所述海子水牛全基因组snp分子标记组合可以满足遗传资源保护与选育中的多种需求，分析结果清晰可靠，能够准确反应群体中的遗传多样性丰富程度、近交情况并建立家系结构，能够有效促进海子水牛的分子育种效率提高。

　　1.一种海子水牛全基因组snp分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合由48887个snp位点组成，具点信息如下：

　　2.根据权利要求1所述海子水牛全基因组snp分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包括：47943个测序来源高遗传信息量snp位点、868个性状相关位点及76个缺陷相关位点。

　　3.根据权利要求2所述海子水牛全基因组snp分子标记组合，其特征在于，所述测序来源高遗传信息量snp位点的建立方法为：

　　4.根据权利要求3所述海子水牛全基因组snp分子标记组合，其特征在于，步骤(4)中，所述软件为一种可用于畜禽基因组芯片设计过程中高遗传信息位点选择的软件snpselection(v1.0)，软著登记号为2024sr1581643。

　　5.一种权利要求1所述海子水牛全基因组snp分子标记组合在海子水牛snp芯片设计中的应用。

　　6.根据权利要求5所述应用，其特征在于，所述应用中设计的海子水牛snp芯片可以检测权利要求1所述的一个或多个位点。

　　7.一种权利要求1所述海子水牛全基因组snp分子标记组合在海子水牛遗传资源保护与选育中的应用。

　　8.根据权利要求7所述应用，其特征在于，所述应用为海子水牛遗传多样性分析。

　　9.根据权利要求7所述应用，其特征在于，所述应用为海子水牛个体的亲缘关系分析。

　　10.根据权利要7所述应用，其特征在于，所述应用为海子水牛群体的家系结构分析。

　　本发明公开了一种海子水牛全基因组SNP分子标记组合及应用。该SNP分子标记组合如表1所示，由47943个测序来源高遗传信息量SNP位点、868个性状相关位点及76个缺陷相关位点组成，共48887个位点。本发明提供的海子水牛全基因组SNP分子标记组合可用于海子水牛全基因组芯片的设计以及海子水牛遗传资源保护与选育，能够对海子水牛种群实现针对性的基因检测工作，满足遗传资源保护与选育中的多种需求，有效提高分子育种效率，对海子水牛遗传资源的保护、评价和利用具有重要意义。

　　技术研发人员：卢徐斌,姚毅扬,毛永江,杨章平,龙明雪,朱治坚,顾黎明,杜飞

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